Die tiefgreifendste Modifikation erfährt der 3,8-Liter-V6-Biturbo Motor. Neue Steuerzeiten der Nockenzeiten kitzeln nun mehr Leistung aus dem einzigen V6-Motor in der GT3-Klasse, die Leistung steigt von 520 auf 550 PS. Darüber hinaus hat Nissan an der Zuverlässigkeit des Motors gearbeitet.
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Überarbeitet wurde auch die Aerodynamik, was sich besonders in mächtigen Flaps an der Front bemerkbar macht. Auch die Luftauslässe in den vorderen Kotflügeln wurden überarbeitet und vergrößert. Darüber hinaus wurde die Position des Heckflügels optimiert. Die überarbeitete Aerodynamik verbessert nicht nur die Abtriebswerte des Nissan, sondern sorgt auch für eine bessere aerodynamische Balance. Das sequenzielle Sechs-Gang-Getriebe wurde auf die größere Leistung angepasst, ebenso wurde die Radaufhängung auf die geänderte Aerodynamik angestimmt.NISMO und Vertriebs- und Entwicklungspartner JR Motorsport aus England bieten den Nissan GT-R Nismo GT3 Modelljahr 2013 zum Preis von umgerechnet ca. 338.000 Euro (270.000 Pfund) an. Interessenten am Nissan haben auf Einladung von JR Motorsport die Gelegenheit, den GT-R bei einem zweitägigen Test im portugiesischen Portimão auszuprobieren.
Im ADAC GT Masters 2012 setzte Schulze Motorsport einen Nissan GT-R Nismo GT3 für Michael und Tobias Schulze ein. Der GT-R war eines von nur drei Exemplaren des Nissan, das in Europa zum Einsatz kam.
