Das Wetter in Malaysia sorgte für einen dramatischen Rennverlauf: Zwei Wolkenbrüche zwangen die Rennleitung dazu, den Wettbewerb zunächst für eine Stunde und 46 Minuten und später ein weiteres Mal für 53 Minuten zu unterbrechen. Da die Teilnehmer anschließend jeweils ohne Berücksichtigung der vorherigen Abstände hinter dem Safety-Car starteten, ergaben sich immer wieder spannende Positionskämpfe. So lagen zwei Stunden vor Rennende die vier schnellsten Teilnehmer innerhalb von nur vier Sekunden.
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In dieser Phase verschaffte sich das Belgian Audi Club Team WRT einen Vorteil, als es seine Boxenstopps in einer Safety-Car-Phase absolvierte und dadurch nur wenig Zeit verlor. Laurens Vanthoor übernahm die Führung, während das Schwesterauto von Christopher Mies nach dem Fahrerwechsel zunächst nicht ansprang und 46 Sekunden verlor. Mies startete im Regen eine Aufholjagd, überholte Nicki Thiim und setzte sich in der letzten Boxenstopprunde in Führung. Vanthoor erhielt bei dieser Gelegenheit frische Reifen und übernahm so 39 Minuten vor Rennende wieder die Führung. Damit sicherte sich das Belgian Audi Club Team WRT einen Doppelsieg und Stéphane Ortelli gewann seinen letzten Einsatz für Audi Sport customer racing. Für die belgische Mannschaft von Vincent Vosse war es der nächste große Erfolg. Im April führte das Team den neuen Audi R8 LMS bei einem 4-Stunden-Rennen auf dem Nürburgring zu dessen erstem Rennsieg und gewann im Mai an gleicher Stelle das 24-Stunden-Rennen. In Sepang nun bewies der seriennahe Rennwagen, der zu 50 Prozent auf dem Straßenmodell basiert, erneut seine Leistungsfähigkeit und Zuverlässigkeit.
„Herzlichen Glückwunsch an unsere drei Mannschaften auf dem Podium“, sagte Romolo Liebchen, Leiter von Audi Sport customer racing. „2010 und 2011 haben wir dieses Rennen als Zweite beendet, nun haben wir es gewonnen. Damit schließen wir eine sehr gelungene erste Saison des neuen Audi R8 LMS mit einem Traumergebnis ab, bevor unsere Kunden im nächsten Jahr auf vier Kontinenten mit insgesamt bis zu 50 GT3-Sportwagen von Audi um Erfolge kämpfen.“
Als Sechste in Malaysia überquerten Marchy Lee/Shaun Thong/Alex Yoong (HK/HK/MAL) für Audi Hong Kong powered by Phoenix Racing Asia die Ziellinie. Das Team B-Quik Racing erreichte mit Daniel Bilski/Henk Kiks/Peter Kox (AUS/NL/NL) im Audi R8 LMS der ersten Generation Platz drei in der GTC-Klasse für Cup-Fahrzeuge. Die Mannschaft aus Thailand hatte zu Rennbeginn ihre Klasse angeführt, dann aber durch ein Sensorproblem 18 Minuten Zeit verloren.
